Просмотр исходного текста страницы Алгоритмы биоинформатики

= Общие сведения =
Курс основан на MOOC «[https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics '''Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach''']» 

* Расписание: ЧТ 10:45-12:10 528ГК     
* Семестр: 5 (третий курс)
* [https://t.me/joinchat/U6rMF8QO6S7-83aD Телеграм-чат курса]
* [https://yandex.zoom.us/j/96312576964?pwd=cWZnVHdjc21jaHh3ZVU1YXZMckxvQT09 '''Трансляция'''].

== Темы ==
1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)

2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)

3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)

4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)

5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)

6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)

= Преподаватели =
* Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
* Авторы курса:
** Pavel Pevzner (University of California, San Diego)  
** Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)

== Запись на курс ==
0. Выбор курса в [https://profile.mipt.ru '''Личном Кабинете''']
  
1. Регистрация на платформе [https://rosalind.info/problems/locations/ '''Rosalind.info''']

2. Регистрация на курсе [https://rosalind.info/classes/enroll/64d976790f/ '''Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2022fall''']

3. Заполнение заключительной [https://forms.gle/iQcYpGLMubXyNVQE6 '''''формы''''']

== Материалы ==
* [https://drive.google.com/drive/folders/1S-NnpciQyp40GgCpQWrVzjA2vUXlI08M?usp=sharing '''Презентации'''].  
* [https://drive.google.com/drive/folders/1AMzzctOLD_fI-weGRdSTQ7V46kuP-rCU?usp=sharing '''Записи занятий'''].
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/lecture-videos '''Видеолекции'''].
* [https://www.coursera.org/learn/dna-analysis '''Coursera'''] (темы 1-2).
* [https://www.coursera.org/learn/genome-sequencing '''Coursera'''] (темы 3-4).
* [https://www.coursera.org/learn/comparing-genomes '''Coursera'''] (темы 5-6).
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/read-the-book '''Textbook'''].

== Домашние задания ==
Планируется 4 домашних заданий. Проверка включает 2 этапа:
# прохождение тестов в Yandex.Contest (ДЗ-1,2) и / или проверка тестов, написанных вами. Код нужно залить в соотв. репозиторий на gitlab.atp-fivt.org.
# code review при условии выполненного п.1. В процессе code review вы получаете Фидбек от проверяющего. Его можно прочитать на странице вашего репозитория с ДЗ (Project -> Activity) или в автоматических письмах от automation@atp-fivt.org. Исправления по code review можно делать в течение '''1 месяца''' после 1-го комментария.

==== Как сдавать ДЗ ====
# Каждому из вас на почту пришел доступ на http://gitlab.atp-fivt.org/. В нем создан репозиторий '''<ваше_ФИО>-hw[1-4]'''.
# Для каждой задачи создана ветка, в которую нужно заливать решение.
# Для сдачи задания нужно до deadline сделать merge request в master. Все параметры merge по умолчанию. В git-репозиториии не должно быть лишних файлов и мусора.
# После deadline проверяющий (это может быть случайный семинарист или ассистент) оставляет комментарии и ставим текущую оценку. Если решение вцелом работает правильно и соответсвует требованиям, его можно исправлять в течение месяца после комментариев и повысить таким образом оценку.

===== Сроки =====
* За сдачу позже мягкого дедлайна -50%
* Позже жёсткого можно сдавать с оценкой 25% максимум. Сдавать и исправлять домашки можно до ''25.12, 23:59'''.

==== Дедлайны по домашкам ====
{|  class="wikitable"
|- 
! Домашка
! Мягкий deadline
! Жёсткий deadline
|-
|[https://contest.yandex.ru/contest/40656/enter/  Simple Java Core] || 02.10, 20:00 || 09.10, 20:00
|-
|[https://docs.google.com/document/d/1D6YtyBnX8rPm-3LDMjTsc-2Ig9VbBkQszK9d7zXKEYg/edit Advanced Java Core & JUnit] || 14.11, 23:59 || 21.11, 23:59
|-
|[https://docs.google.com/document/d/1qzg_g7RVdl4_IImC1ino-207dZha8HuKO5D2Wsn_GPo/edit JDBC, external export, GitLab CI] || 28.11, 23:59 || 05.12, 23:59
|-
|[https://docs.google.com/document/d/1gtyPLHDnWEDc-I7zWT4Ws3ahHbKtDUHby9Xuwhuz21E/edit Multithreading] || 12.12, 23:59 || 19.12, 23:59
|}

== Мини-контрольные ==
Состоятся 2 контрольные. Они будут проходить '''на лекциях'''.

На контрольных нельзя пользоваться IDE и интернетом. Код писать не потребуется.

{|  class="wikitable"
|- 
! Название
! Темы
! Дата
! Длительность
|-
| Промышленное программирование на Java. Quiz #1. || Java core. Синтаксис Java. Ветвления, циклы и метки. Примитивные типы и объекты в Java. Приведение типов. Inboxing, outboxing. Exceptions. Массивы и коллекции. Строки. Классы (абстрактные, вложенные, внутренние, анонимные, локальные...), интерфейсы. Класс Object и всё, что с ним связано. Generics, enums (enums as classes). || 02.11 || 30 мин
|-
|Промышленное программирование на Java. Quiz #2. || Тестирование приложений в Java. Сборка приложений. Работа с базой данных. Основы Docker и Continuous integration. Многопоточность в Java. || 14.12 || 15 мин
|}


В случае если вы не сможете написать КР в указанную дату по технической или другой уважительной причине, просьба заполнить [https://docs.google.com/forms/d/1kqv5Y4LiunA5YkqJGMKcE0Bs8VNLmbGzYcK7JoC0S8s/edit?usp=sharing '''форму на дописывание'''].

== Бонус ==
За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.