Алгоритмы биоинформатики — различия между версиями
Apravko (обсуждение | вклад) (→Материалы) |
Apravko (обсуждение | вклад) (→Дедлайны по домашкам) |
||
| Строка 59: | Строка 59: | ||
* Позже жёсткого можно сдавать с оценкой 25% максимум. Сдавать и исправлять домашки можно до ''25.12, 23:59'''. | * Позже жёсткого можно сдавать с оценкой 25% максимум. Сдавать и исправлять домашки можно до ''25.12, 23:59'''. | ||
| − | == | + | == Задачи == |
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|- | |- | ||
| Строка 74: | Строка 74: | ||
|[https://docs.google.com/document/d/1gtyPLHDnWEDc-I7zWT4Ws3ahHbKtDUHby9Xuwhuz21E/edit Multithreading] || 12.12, 23:59 || 19.12, 23:59 | |[https://docs.google.com/document/d/1gtyPLHDnWEDc-I7zWT4Ws3ahHbKtDUHby9Xuwhuz21E/edit Multithreading] || 12.12, 23:59 || 19.12, 23:59 | ||
|} | |} | ||
| + | ## | ||
| + | https://rosalind.info/classes/926/ | ||
| + | Дедлайны: | ||
| + | Topic 1 (5 задач) - 19.09.2022 | ||
| + | Topic 2 (5 задач) - 03.10.2022 | ||
| + | Topic 3 (5 задач) - 17.10.2022 | ||
| + | Topic 4 (5 задач) - 31.10.2022 | ||
| + | Topic 5 (5 задач) - 14.11.2022 | ||
| + | Topic 6 (5 задач) - 28.11.2022 | ||
== Мини-контрольные == | == Мини-контрольные == | ||
Версия 13:36, 25 ноября 2022
Содержание
Общие сведения
Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach»
- Расписание: ЧТ 10:45-12:10 528ГК
- Семестр: 5 (третий курс)
- Телеграм-чат курса
- Трансляция.
Темы
1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)
2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)
3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)
4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)
5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)
6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)
Преподаватели
- Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
- Авторы курса:
- Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
- Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)
Запись на курс
0. Выбор курса в Личном Кабинете
1. Регистрация на платформе Rosalind.info
2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2022fall
3. Заполнение заключительной формы
Материалы
- Презентации.
- Записи занятий.
- Видеолекции.
- Coursera (темы 1-2).
- Coursera (темы 3-4).
- Coursera (темы 5-6).
- Textbook.
Домашние задания
Планируется 4 домашних заданий. Проверка включает 2 этапа:
- прохождение тестов в Yandex.Contest (ДЗ-1,2) и / или проверка тестов, написанных вами. Код нужно залить в соотв. репозиторий на gitlab.atp-fivt.org.
- code review при условии выполненного п.1. В процессе code review вы получаете Фидбек от проверяющего. Его можно прочитать на странице вашего репозитория с ДЗ (Project -> Activity) или в автоматических письмах от automation@atp-fivt.org. Исправления по code review можно делать в течение 1 месяца после 1-го комментария.
Как сдавать ДЗ
- Каждому из вас на почту пришел доступ на http://gitlab.atp-fivt.org/. В нем создан репозиторий <ваше_ФИО>-hw[1-4].
- Для каждой задачи создана ветка, в которую нужно заливать решение.
- Для сдачи задания нужно до deadline сделать merge request в master. Все параметры merge по умолчанию. В git-репозиториии не должно быть лишних файлов и мусора.
- После deadline проверяющий (это может быть случайный семинарист или ассистент) оставляет комментарии и ставим текущую оценку. Если решение вцелом работает правильно и соответсвует требованиям, его можно исправлять в течение месяца после комментариев и повысить таким образом оценку.
Сроки
- За сдачу позже мягкого дедлайна -50%
- Позже жёсткого можно сдавать с оценкой 25% максимум. Сдавать и исправлять домашки можно до 25.12, 23:59'.
Задачи
| Домашка | Мягкий deadline | Жёсткий deadline |
|---|---|---|
| Simple Java Core | 02.10, 20:00 | 09.10, 20:00 |
| Advanced Java Core & JUnit | 14.11, 23:59 | 21.11, 23:59 |
| JDBC, external export, GitLab CI | 28.11, 23:59 | 05.12, 23:59 |
| Multithreading | 12.12, 23:59 | 19.12, 23:59 |
https://rosalind.info/classes/926/ Дедлайны: Topic 1 (5 задач) - 19.09.2022 Topic 2 (5 задач) - 03.10.2022 Topic 3 (5 задач) - 17.10.2022 Topic 4 (5 задач) - 31.10.2022 Topic 5 (5 задач) - 14.11.2022 Topic 6 (5 задач) - 28.11.2022
Мини-контрольные
Состоятся 2 контрольные. Они будут проходить на лекциях.
На контрольных нельзя пользоваться IDE и интернетом. Код писать не потребуется.
| Название | Темы | Дата | Длительность |
|---|---|---|---|
| Промышленное программирование на Java. Quiz #1. | Java core. Синтаксис Java. Ветвления, циклы и метки. Примитивные типы и объекты в Java. Приведение типов. Inboxing, outboxing. Exceptions. Массивы и коллекции. Строки. Классы (абстрактные, вложенные, внутренние, анонимные, локальные...), интерфейсы. Класс Object и всё, что с ним связано. Generics, enums (enums as classes). | 02.11 | 30 мин |
| Промышленное программирование на Java. Quiz #2. | Тестирование приложений в Java. Сборка приложений. Работа с базой данных. Основы Docker и Continuous integration. Многопоточность в Java. | 14.12 | 15 мин |
В случае если вы не сможете написать КР в указанную дату по технической или другой уважительной причине, просьба заполнить форму на дописывание.
Бонус
За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.
