Алгоритмы биоинформатики — различия между версиями

Материал из Public ATP Wiki
Перейти к: навигация, поиск
(→‎Задачи)
(→‎Мини-контрольные)
Строка 70: Строка 70:
 
* После дедлайна решать задачи на странице Rosalind [https://rosalind.info/problems/list-view/?location=bioinformatics-textbook-track '''Bioinformatics Textbook-Track''']  
 
* После дедлайна решать задачи на странице Rosalind [https://rosalind.info/problems/list-view/?location=bioinformatics-textbook-track '''Bioinformatics Textbook-Track''']  
 
* Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ''12.12.2021''.
 
* Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ''12.12.2021''.
−
 
−
== Мини-контрольные ==
 
−
Состоятся 2 контрольные. Они будут проходить '''на лекциях'''.
 
−
 
−
На контрольных нельзя пользоваться IDE и интернетом. Код писать не потребуется.
 
−
 
−
{|  class="wikitable"
 
−
|-
 
−
! Название
 
−
! Темы
 
−
! Дата
 
−
! Длительность
 
−
|-
 
−
| Промышленное программирование на Java. Quiz #1. || Java core. Синтаксис Java. Ветвления, циклы и метки. Примитивные типы и объекты в Java. Приведение типов. Inboxing, outboxing. Exceptions. Массивы и коллекции. Строки. Классы (абстрактные, вложенные, внутренние, анонимные, локальные...), интерфейсы. Класс Object и всё, что с ним связано. Generics, enums (enums as classes). || 02.11 || 30 мин
 
−
|-
 
−
|Промышленное программирование на Java. Quiz #2. || Тестирование приложений в Java. Сборка приложений. Работа с базой данных. Основы Docker и Continuous integration. Многопоточность в Java. || 14.12 || 15 мин
 
−
|}
 
−
 
−
 
−
В случае если вы не сможете написать КР в указанную дату по технической или другой уважительной причине, просьба заполнить [https://docs.google.com/forms/d/1kqv5Y4LiunA5YkqJGMKcE0Bs8VNLmbGzYcK7JoC0S8s/edit?usp=sharing '''форму на дописывание'''].
 
  
 
== Бонус ==
 
== Бонус ==
 
За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.
 
За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.

Версия 13:45, 25 ноября 2022

Общие сведения

Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach»

Темы

1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)

2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)

3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)

4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)

5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)

6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)

Преподаватели

  • Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
  • Авторы курса:
    • Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
    • Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)

Запись на курс

0. Выбор курса в Личном Кабинете

1. Регистрация на платформе Rosalind.info

2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2022fall

3. Заполнение заключительной формы

Материалы

Задачи

https://rosalind.info/classes/926/

Topic Количество задач Deadline
Topic 1 5 задач 19.09.2022
Topic 2 5 задач 03.10.2022
Topic 3 5 задач 17.10.2022
Topic 4 5 задач 31.10.2022
Topic 5 5 задач 14.11.2022
Topic 6 5 задач 28.11.2022
Сроки
  • После дедлайна решать задачи на странице Rosalind Bioinformatics Textbook-Track
  • Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до 12.12.2021.

Бонус

За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.

Источник — «http://wiki.atp-fivt.org/index.php?title=Алгоритмы_биоинформатики&oldid=1403»