|
|
| (не показано 5 промежуточных версий этого же участника) |
| Строка 1: |
Строка 1: |
| − | = Общие сведения =
| |
| − | Курс основан на MOOC «[https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics '''Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach''']»
| |
| | | | |
| − | * Расписание: ЧТ 10:45-12:10 528ГК
| |
| − | * Семестр: 5 (третий курс)
| |
| − | * [https://t.me/joinchat/U6rMF8QO6S7-83aD Телеграм-чат курса]
| |
| − | * [https://yandex.zoom.us/j/96312576964?pwd=cWZnVHdjc21jaHh3ZVU1YXZMckxvQT09 '''Трансляция'''].
| |
| − |
| |
| − | == Темы ==
| |
| − | 1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)
| |
| − |
| |
| − | 2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)
| |
| − |
| |
| − | 3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)
| |
| − |
| |
| − | 4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)
| |
| − |
| |
| − | 5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)
| |
| − |
| |
| − | 6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)
| |
| − |
| |
| − | = Преподаватели =
| |
| − | * Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
| |
| − | * Авторы курса:
| |
| − | ** Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
| |
| − | ** Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)
| |
| − |
| |
| − | == Запись на курс ==
| |
| − | 0. Выбор курса в [https://profile.mipt.ru '''Личном Кабинете''']
| |
| − |
| |
| − | 1. Регистрация на платформе [https://rosalind.info/problems/locations/ '''Rosalind.info''']
| |
| − |
| |
| − | 2. Регистрация на курсе [https://rosalind.info/classes/enroll/64d976790f/ '''Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2022fall''']
| |
| − |
| |
| − | 3. Заполнение заключительной [https://forms.gle/iQcYpGLMubXyNVQE6 '''''формы''''']
| |
| − |
| |
| − | == Материалы ==
| |
| − | * [https://drive.google.com/drive/folders/1S-NnpciQyp40GgCpQWrVzjA2vUXlI08M?usp=sharing '''Презентации'''].
| |
| − | * [https://drive.google.com/drive/folders/1AMzzctOLD_fI-weGRdSTQ7V46kuP-rCU?usp=sharing '''Записи занятий'''].
| |
| − | * [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/lecture-videos '''Видеолекции'''].
| |
| − | * [https://www.coursera.org/learn/dna-analysis '''Coursera'''] (темы 1-2).
| |
| − | * [https://www.coursera.org/learn/genome-sequencing '''Coursera'''] (темы 3-4).
| |
| − | * [https://www.coursera.org/learn/comparing-genomes '''Coursera'''] (темы 5-6).
| |
| − | * [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/read-the-book '''Textbook'''].
| |
| − |
| |
| − | == Домашние задания ==
| |
| − | Планируется 4 домашних заданий. Проверка включает 2 этапа:
| |
| − | # прохождение тестов в Yandex.Contest (ДЗ-1,2) и / или проверка тестов, написанных вами. Код нужно залить в соотв. репозиторий на gitlab.atp-fivt.org.
| |
| − | # code review при условии выполненного п.1. В процессе code review вы получаете Фидбек от проверяющего. Его можно прочитать на странице вашего репозитория с ДЗ (Project -> Activity) или в автоматических письмах от automation@atp-fivt.org. Исправления по code review можно делать в течение '''1 месяца''' после 1-го комментария.
| |
| − |
| |
| − | ==== Как сдавать ДЗ ====
| |
| − | # Каждому из вас на почту пришел доступ на http://gitlab.atp-fivt.org/. В нем создан репозиторий '''<ваше_ФИО>-hw[1-4]'''.
| |
| − | # Для каждой задачи создана ветка, в которую нужно заливать решение.
| |
| − | # Для сдачи задания нужно до deadline сделать merge request в master. Все параметры merge по умолчанию. В git-репозиториии не должно быть лишних файлов и мусора.
| |
| − | # После deadline проверяющий (это может быть случайный семинарист или ассистент) оставляет комментарии и ставим текущую оценку. Если решение вцелом работает правильно и соответсвует требованиям, его можно исправлять в течение месяца после комментариев и повысить таким образом оценку.
| |
| − |
| |
| − | ===== Сроки =====
| |
| − | * За сдачу позже мягкого дедлайна -50%
| |
| − | * Позже жёсткого можно сдавать с оценкой 25% максимум. Сдавать и исправлять домашки можно до ''25.12, 23:59'''.
| |
| − |
| |
| − | == Задачи ==
| |
| − |
| |
| − | https://rosalind.info/classes/926/
| |
| − |
| |
| − | {| class="wikitable"
| |
| − | |-
| |
| − | ! Topic
| |
| − | ! Количество задач
| |
| − | ! Deadline
| |
| − | |-
| |
| − | |Topic 1 || 5 задач || 19.09.2022
| |
| − | |-
| |
| − | |Topic 2 || 5 задач || 03.10.2022
| |
| − | |-
| |
| − | |Topic 3 || 5 задач || 17.10.2022
| |
| − | |-
| |
| − | |Topic 4 || 5 задач || 31.10.2022
| |
| − | |-
| |
| − | |Topic 5 || 5 задач || 14.11.2022
| |
| − | |-
| |
| − | |Topic 6 || 5 задач || 28.11.2022
| |
| − | |}
| |
| − |
| |
| − | == Мини-контрольные ==
| |
| − | Состоятся 2 контрольные. Они будут проходить '''на лекциях'''.
| |
| − |
| |
| − | На контрольных нельзя пользоваться IDE и интернетом. Код писать не потребуется.
| |
| − |
| |
| − | {| class="wikitable"
| |
| − | |-
| |
| − | ! Название
| |
| − | ! Темы
| |
| − | ! Дата
| |
| − | ! Длительность
| |
| − | |-
| |
| − | | Промышленное программирование на Java. Quiz #1. || Java core. Синтаксис Java. Ветвления, циклы и метки. Примитивные типы и объекты в Java. Приведение типов. Inboxing, outboxing. Exceptions. Массивы и коллекции. Строки. Классы (абстрактные, вложенные, внутренние, анонимные, локальные...), интерфейсы. Класс Object и всё, что с ним связано. Generics, enums (enums as classes). || 02.11 || 30 мин
| |
| − | |-
| |
| − | |Промышленное программирование на Java. Quiz #2. || Тестирование приложений в Java. Сборка приложений. Работа с базой данных. Основы Docker и Continuous integration. Многопоточность в Java. || 14.12 || 15 мин
| |
| − | |}
| |
| − |
| |
| − |
| |
| − | В случае если вы не сможете написать КР в указанную дату по технической или другой уважительной причине, просьба заполнить [https://docs.google.com/forms/d/1kqv5Y4LiunA5YkqJGMKcE0Bs8VNLmbGzYcK7JoC0S8s/edit?usp=sharing '''форму на дописывание'''].
| |
| − |
| |
| − | == Бонус ==
| |
| − | За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.
| |
