Алгоритмы биоинформатики

Общие сведения

Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach»

• Расписание: ЧТ 10:45-12:10 528ГК
• Семестр: 5 (третий курс)
• Телеграм-чат курса
• Трансляция.

Темы

1. Где начинается репликация ДНК?(Алгоритмическая разминка, 2 недели) 2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели) 3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели) 4. Как секвенировать антибиотики? (алгоритмы грубой силы, 2 недели) 5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели) 6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)

Преподаватели

• Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
• Авторы курса:
  • Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
  • Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)

Критерии получения оценки

Экстерн-проекты

Предлагается несколько проектов на выбор под руководством реального заказчика.

• Вот что у нас получилось. Смотреть начиная с 17:45.
• Github-репозитории

Помимо закрытия курса есть возможность:

• • • иметь на выходе готовый open-source проект, а также тезисы для lightning-talk сессии конференций по Java
    • опубликоваться на Хабре
    • заиметь запись в Центральном репозитории Maven, где вы будете записаны как Developer проекта.
• .

Домашние задания

Планируется 4 домашних заданий. Проверка включает 2 этапа:

1. прохождение тестов в Yandex.Contest (ДЗ-1,2) и / или проверка тестов, написанных вами. Код нужно залить в соотв. репозиторий на gitlab.atp-fivt.org.
2. code review при условии выполненного п.1. В процессе code review вы получаете Фидбек от проверяющего. Его можно прочитать на странице вашего репозитория с ДЗ (Project -> Activity) или в автоматических письмах от automation@atp-fivt.org. Исправления по code review можно делать в течение 1 месяца после 1-го комментария.

Как сдавать ДЗ

1. Каждому из вас на почту пришел доступ на http://gitlab.atp-fivt.org/. В нем создан репозиторий <ваше_ФИО>-hw[1-4].
2. Для каждой задачи создана ветка, в которую нужно заливать решение.
3. Для сдачи задания нужно до deadline сделать merge request в master. Все параметры merge по умолчанию. В git-репозиториии не должно быть лишних файлов и мусора.
4. После deadline проверяющий (это может быть случайный семинарист или ассистент) оставляет комментарии и ставим текущую оценку. Если решение вцелом работает правильно и соответсвует требованиям, его можно исправлять в течение месяца после комментариев и повысить таким образом оценку.

Сроки

• За сдачу позже мягкого дедлайна -50%
• Позже жёсткого можно сдавать с оценкой 25% максимум. Сдавать и исправлять домашки можно до 25.12, 23:59'.

Дедлайны по домашкам

Домашка	Мягкий deadline	Жёсткий deadline
Simple Java Core	02.10, 20:00	09.10, 20:00
Advanced Java Core & JUnit	14.11, 23:59	21.11, 23:59
JDBC, external export, GitLab CI	28.11, 23:59	05.12, 23:59
Multithreading	12.12, 23:59	19.12, 23:59

Мини-контрольные

Состоятся 2 контрольные. Они будут проходить на лекциях.

На контрольных нельзя пользоваться IDE и интернетом. Код писать не потребуется.

Название	Темы	Дата	Длительность
Промышленное программирование на Java. Quiz #1.	Java core. Синтаксис Java. Ветвления, циклы и метки. Примитивные типы и объекты в Java. Приведение типов. Inboxing, outboxing. Exceptions. Массивы и коллекции. Строки. Классы (абстрактные, вложенные, внутренние, анонимные, локальные...), интерфейсы. Класс Object и всё, что с ним связано. Generics, enums (enums as classes).	02.11	30 мин
Промышленное программирование на Java. Quiz #2.	Тестирование приложений в Java. Сборка приложений. Работа с базой данных. Основы Docker и Continuous integration. Многопоточность в Java.	14.12	15 мин

В случае если вы не сможете написать КР в указанную дату по технической или другой уважительной причине, просьба заполнить форму на дописывание.

Бонус

За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.