Алгоритмы биоинформатики

Материал из Public ATP Wiki
Версия от 13:10, 25 ноября 2022; Apravko (обсуждение | вклад) (→‎Общие сведения)
Перейти к: навигация, поиск

Общие сведения

Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach»

  • Авторы:
    • Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
    • Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)
  • Расписание: ЧТ 10:45-12:10 528ГК
  • Трансляция.
  • Чат курса.
  • Преподаватель: Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования

Материалы занятий Для доступа нужно зайти в аккаунт @phystech.edu.

Преподаватели

  • Организатор: Олег Ивченко
  • Лектор: Иван Пономарев, доц., к. ф-м. н.
  • Семинаристы:
    • Козлов Анатолий
    • Евдокимова Анастасия
    • Ухов Никита
  • Ассистенты:

Критерии получения оценки

Экстерн-проекты

Предлагается несколько проектов на выбор под руководством реального заказчика.

Помимо закрытия курса есть возможность:

      • иметь на выходе готовый open-source проект, а также тезисы для lightning-talk сессии конференций по Java
      • опубликоваться на Хабре
      • заиметь запись в Центральном репозитории Maven, где вы будете записаны как Developer проекта.
  • .

Домашние задания

Планируется 4 домашних заданий. Проверка включает 2 этапа:

  1. прохождение тестов в Yandex.Contest (ДЗ-1,2) и / или проверка тестов, написанных вами. Код нужно залить в соотв. репозиторий на gitlab.atp-fivt.org.
  2. code review при условии выполненного п.1. В процессе code review вы получаете Фидбек от проверяющего. Его можно прочитать на странице вашего репозитория с ДЗ (Project -> Activity) или в автоматических письмах от automation@atp-fivt.org. Исправления по code review можно делать в течение 1 месяца после 1-го комментария.

Как сдавать ДЗ

  1. Каждому из вас на почту пришел доступ на http://gitlab.atp-fivt.org/. В нем создан репозиторий <ваше_ФИО>-hw[1-4].
  2. Для каждой задачи создана ветка, в которую нужно заливать решение.
  3. Для сдачи задания нужно до deadline сделать merge request в master. Все параметры merge по умолчанию. В git-репозиториии не должно быть лишних файлов и мусора.
  4. После deadline проверяющий (это может быть случайный семинарист или ассистент) оставляет комментарии и ставим текущую оценку. Если решение вцелом работает правильно и соответсвует требованиям, его можно исправлять в течение месяца после комментариев и повысить таким образом оценку.
Сроки
  • За сдачу позже мягкого дедлайна -50%
  • Позже жёсткого можно сдавать с оценкой 25% максимум. Сдавать и исправлять домашки можно до 25.12, 23:59'.

Дедлайны по домашкам

Домашка Мягкий deadline Жёсткий deadline
Simple Java Core 02.10, 20:00 09.10, 20:00
Advanced Java Core & JUnit 14.11, 23:59 21.11, 23:59
JDBC, external export, GitLab CI 28.11, 23:59 05.12, 23:59
Multithreading 12.12, 23:59 19.12, 23:59

Мини-контрольные

Состоятся 2 контрольные. Они будут проходить на лекциях.

На контрольных нельзя пользоваться IDE и интернетом. Код писать не потребуется.

Название Темы Дата Длительность
Промышленное программирование на Java. Quiz #1. Java core. Синтаксис Java. Ветвления, циклы и метки. Примитивные типы и объекты в Java. Приведение типов. Inboxing, outboxing. Exceptions. Массивы и коллекции. Строки. Классы (абстрактные, вложенные, внутренние, анонимные, локальные...), интерфейсы. Класс Object и всё, что с ним связано. Generics, enums (enums as classes). 02.11 30 мин
Промышленное программирование на Java. Quiz #2. Тестирование приложений в Java. Сборка приложений. Работа с базой данных. Основы Docker и Continuous integration. Многопоточность в Java. 14.12 15 мин


В случае если вы не сможете написать КР в указанную дату по технической или другой уважительной причине, просьба заполнить форму на дописывание.

Бонус

За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.

Источник — «http://wiki.atp-fivt.org/index.php?title=Алгоритмы_биоинформатики&oldid=1380»