Алгоритмы биоинформатики
Содержание
Общие сведения
Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach»
- Расписание: ЧТ 10:45-12:10 528ГК
- Семестр: 5 (третий курс)
- Телеграм-чат курса
- Трансляция.
Темы
1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)
2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)
3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)
4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)
5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)
6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)
Преподаватели
- Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
- Авторы курса:
- Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
- Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)
Запись на курс
0. Выбор курса в Личном Кабинете
1. Регистрация на платформе Rosalind.info
2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2022fall
3. Заполнение заключительной формы
Материалы
- Презентации.
- Записи занятий.
- Видеолекции.
- Coursera (темы 1-2).
- Coursera (темы 3-4).
- Coursera (темы 5-6).
- Textbook.
Сроки
- После дедлайна решать задачи на странице Rosalind Bioinformatics Textbook-Track
- Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до 12.12.2021.
Задачи
https://rosalind.info/classes/926/
| Topic | Количество задач | Deadline |
|---|---|---|
| Topic 1 | 5 задач | 19.09.2022 |
| Topic 2 | 5 задач | 03.10.2022 |
| Topic 3 | 5 задач | 17.10.2022 |
| Topic 4 | 5 задач | 31.10.2022 |
| Topic 5 | 5 задач | 14.11.2022 |
| Topic 6 | 5 задач | 28.11.2022 |
Мини-контрольные
Состоятся 2 контрольные. Они будут проходить на лекциях.
На контрольных нельзя пользоваться IDE и интернетом. Код писать не потребуется.
| Название | Темы | Дата | Длительность |
|---|---|---|---|
| Промышленное программирование на Java. Quiz #1. | Java core. Синтаксис Java. Ветвления, циклы и метки. Примитивные типы и объекты в Java. Приведение типов. Inboxing, outboxing. Exceptions. Массивы и коллекции. Строки. Классы (абстрактные, вложенные, внутренние, анонимные, локальные...), интерфейсы. Класс Object и всё, что с ним связано. Generics, enums (enums as classes). | 02.11 | 30 мин |
| Промышленное программирование на Java. Quiz #2. | Тестирование приложений в Java. Сборка приложений. Работа с базой данных. Основы Docker и Continuous integration. Многопоточность в Java. | 14.12 | 15 мин |
В случае если вы не сможете написать КР в указанную дату по технической или другой уважительной причине, просьба заполнить форму на дописывание.
Бонус
За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.
