Алгоритмы биоинформатики — различия между версиями

Материал из Public ATP Wiki
Перейти к: навигация, поиск
(Запись на курс)
(Экстерн-проекты)
Строка 35: Строка 35:
 
3. Заполнение заключительной [https://forms.gle/iQcYpGLMubXyNVQE6 '''''формы''''']
 
3. Заполнение заключительной [https://forms.gle/iQcYpGLMubXyNVQE6 '''''формы''''']
  
== Экстерн-проекты ==
+
== Материалы ==
Предлагается [https://docs.google.com/document/d/1n4ocgNReB4a2PQfC-VPCSwVc5VeDa6UfWgZBxGgJUkU несколько проектов на выбор] под руководством реального заказчика.
+
* [https://drive.google.com/drive/folders/1S-NnpciQyp40GgCpQWrVzjA2vUXlI08M?usp=sharing '''Презентации'''].
* Вот что у нас [https://www.youtube.com/watch?v=D1jG751Nw4I&feature=youtu.be получилось]. Смотреть начиная с 17:45.
+
* [https://drive.google.com/drive/folders/1AMzzctOLD_fI-weGRdSTQ7V46kuP-rCU?usp=sharing '''Записи занятий'''].
* [https://github.com/atp-mipt Github-репозитории]
+
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/lecture-videos '''Видеолекции''']. 
 
+
* [https://www.coursera.org/learn/dna-analysis '''Coursera (темы 1-2)''']
Помимо закрытия курса есть возможность:
+
* [https://www.coursera.org/learn/genome-sequencing '''Coursera (темы 3-4)''']. 
*** иметь на выходе готовый open-source проект, а также тезисы для lightning-talk сессии конференций по Java
+
* [https://www.coursera.org/learn/comparing-genomes '''Coursera (темы 5-6)''']. 
*** опубликоваться на Хабре
+
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/read-the-book '''Textbook'''].
*** заиметь запись в Центральном репозитории Maven, где вы будете записаны как Developer проекта.
 
*.
 
  
 
== Домашние задания ==
 
== Домашние задания ==

Версия 13:31, 25 ноября 2022

Общие сведения

Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach»

Темы

1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)

2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)

3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)

4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)

5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)

6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)

Преподаватели

  • Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
  • Авторы курса:
    • Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
    • Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)

Запись на курс

0. Выбор курса в Личном Кабинете

1. Регистрация на платформе Rosalind.info

2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2022fall

3. Заполнение заключительной формы

Материалы

Домашние задания

Планируется 4 домашних заданий. Проверка включает 2 этапа:

  1. прохождение тестов в Yandex.Contest (ДЗ-1,2) и / или проверка тестов, написанных вами. Код нужно залить в соотв. репозиторий на gitlab.atp-fivt.org.
  2. code review при условии выполненного п.1. В процессе code review вы получаете Фидбек от проверяющего. Его можно прочитать на странице вашего репозитория с ДЗ (Project -> Activity) или в автоматических письмах от automation@atp-fivt.org. Исправления по code review можно делать в течение 1 месяца после 1-го комментария.

Как сдавать ДЗ

  1. Каждому из вас на почту пришел доступ на http://gitlab.atp-fivt.org/. В нем создан репозиторий <ваше_ФИО>-hw[1-4].
  2. Для каждой задачи создана ветка, в которую нужно заливать решение.
  3. Для сдачи задания нужно до deadline сделать merge request в master. Все параметры merge по умолчанию. В git-репозиториии не должно быть лишних файлов и мусора.
  4. После deadline проверяющий (это может быть случайный семинарист или ассистент) оставляет комментарии и ставим текущую оценку. Если решение вцелом работает правильно и соответсвует требованиям, его можно исправлять в течение месяца после комментариев и повысить таким образом оценку.
Сроки
  • За сдачу позже мягкого дедлайна -50%
  • Позже жёсткого можно сдавать с оценкой 25% максимум. Сдавать и исправлять домашки можно до 25.12, 23:59'.

Дедлайны по домашкам

Домашка Мягкий deadline Жёсткий deadline
Simple Java Core 02.10, 20:00 09.10, 20:00
Advanced Java Core & JUnit 14.11, 23:59 21.11, 23:59
JDBC, external export, GitLab CI 28.11, 23:59 05.12, 23:59
Multithreading 12.12, 23:59 19.12, 23:59

Мини-контрольные

Состоятся 2 контрольные. Они будут проходить на лекциях.

На контрольных нельзя пользоваться IDE и интернетом. Код писать не потребуется.

Название Темы Дата Длительность
Промышленное программирование на Java. Quiz #1. Java core. Синтаксис Java. Ветвления, циклы и метки. Примитивные типы и объекты в Java. Приведение типов. Inboxing, outboxing. Exceptions. Массивы и коллекции. Строки. Классы (абстрактные, вложенные, внутренние, анонимные, локальные...), интерфейсы. Класс Object и всё, что с ним связано. Generics, enums (enums as classes). 02.11 30 мин
Промышленное программирование на Java. Quiz #2. Тестирование приложений в Java. Сборка приложений. Работа с базой данных. Основы Docker и Continuous integration. Многопоточность в Java. 14.12 15 мин


В случае если вы не сможете написать КР в указанную дату по технической или другой уважительной причине, просьба заполнить форму на дописывание.

Бонус

За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.