Алгоритмы биоинформатики — различия между версиями

Материал из Public ATP Wiki
Перейти к: навигация, поиск
(Дедлайны по домашкам)
(Задачи)
Строка 60: Строка 60:
  
 
== Задачи ==
 
== Задачи ==
 +
 +
https://rosalind.info/classes/926/ 
 +
 
{|  class="wikitable"
 
{|  class="wikitable"
 
|-  
 
|-  
! Домашка
+
! Topic
! Мягкий deadline
+
! Количество задач
! Жёсткий deadline
+
! Deadline
 +
|-
 +
|Topic 1 || 5 задач || 19.09.2022
 +
|-
 +
|Topic 2 || 5 задач || 03.10.2022
 
|-
 
|-
|[https://contest.yandex.ru/contest/40656/enter/  Simple Java Core] || 02.10, 20:00 || 09.10, 20:00
+
|Topic 3 || 5 задач || 17.10.2022
 
|-
 
|-
|[https://docs.google.com/document/d/1D6YtyBnX8rPm-3LDMjTsc-2Ig9VbBkQszK9d7zXKEYg/edit Advanced Java Core & JUnit] || 14.11, 23:59 || 21.11, 23:59
+
|Topic 4 || 5 задач || 31.10.2022
 
|-
 
|-
|[https://docs.google.com/document/d/1qzg_g7RVdl4_IImC1ino-207dZha8HuKO5D2Wsn_GPo/edit JDBC, external export, GitLab CI] || 28.11, 23:59 || 05.12, 23:59
+
|Topic 5 || 5 задач || 14.11.2022
 
|-
 
|-
|[https://docs.google.com/document/d/1gtyPLHDnWEDc-I7zWT4Ws3ahHbKtDUHby9Xuwhuz21E/edit Multithreading] || 12.12, 23:59 || 19.12, 23:59
+
|Topic 6 || 5 задач || 28.11.2022
 
|}
 
|}
##
 
https://rosalind.info/classes/926/ 
 
Дедлайны: 
 
Topic 1 (5 задач) - 19.09.2022 
 
Topic 2 (5 задач) - 03.10.2022 
 
Topic 3 (5 задач) - 17.10.2022 
 
Topic 4 (5 задач) - 31.10.2022 
 
Topic 5 (5 задач) - 14.11.2022 
 
Topic 6 (5 задач) - 28.11.2022
 
  
 
== Мини-контрольные ==
 
== Мини-контрольные ==

Версия 13:42, 25 ноября 2022

Общие сведения

Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach»

Темы

1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)

2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)

3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)

4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)

5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)

6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)

Преподаватели

  • Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
  • Авторы курса:
    • Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
    • Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)

Запись на курс

0. Выбор курса в Личном Кабинете

1. Регистрация на платформе Rosalind.info

2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2022fall

3. Заполнение заключительной формы

Материалы

Домашние задания

Планируется 4 домашних заданий. Проверка включает 2 этапа:

  1. прохождение тестов в Yandex.Contest (ДЗ-1,2) и / или проверка тестов, написанных вами. Код нужно залить в соотв. репозиторий на gitlab.atp-fivt.org.
  2. code review при условии выполненного п.1. В процессе code review вы получаете Фидбек от проверяющего. Его можно прочитать на странице вашего репозитория с ДЗ (Project -> Activity) или в автоматических письмах от automation@atp-fivt.org. Исправления по code review можно делать в течение 1 месяца после 1-го комментария.

Как сдавать ДЗ

  1. Каждому из вас на почту пришел доступ на http://gitlab.atp-fivt.org/. В нем создан репозиторий <ваше_ФИО>-hw[1-4].
  2. Для каждой задачи создана ветка, в которую нужно заливать решение.
  3. Для сдачи задания нужно до deadline сделать merge request в master. Все параметры merge по умолчанию. В git-репозиториии не должно быть лишних файлов и мусора.
  4. После deadline проверяющий (это может быть случайный семинарист или ассистент) оставляет комментарии и ставим текущую оценку. Если решение вцелом работает правильно и соответсвует требованиям, его можно исправлять в течение месяца после комментариев и повысить таким образом оценку.
Сроки
  • За сдачу позже мягкого дедлайна -50%
  • Позже жёсткого можно сдавать с оценкой 25% максимум. Сдавать и исправлять домашки можно до 25.12, 23:59'.

Задачи

https://rosalind.info/classes/926/

Topic Количество задач Deadline
Topic 1 5 задач 19.09.2022
Topic 2 5 задач 03.10.2022
Topic 3 5 задач 17.10.2022
Topic 4 5 задач 31.10.2022
Topic 5 5 задач 14.11.2022
Topic 6 5 задач 28.11.2022

Мини-контрольные

Состоятся 2 контрольные. Они будут проходить на лекциях.

На контрольных нельзя пользоваться IDE и интернетом. Код писать не потребуется.

Название Темы Дата Длительность
Промышленное программирование на Java. Quiz #1. Java core. Синтаксис Java. Ветвления, циклы и метки. Примитивные типы и объекты в Java. Приведение типов. Inboxing, outboxing. Exceptions. Массивы и коллекции. Строки. Классы (абстрактные, вложенные, внутренние, анонимные, локальные...), интерфейсы. Класс Object и всё, что с ним связано. Generics, enums (enums as classes). 02.11 30 мин
Промышленное программирование на Java. Quiz #2. Тестирование приложений в Java. Сборка приложений. Работа с базой данных. Основы Docker и Continuous integration. Многопоточность в Java. 14.12 15 мин


В случае если вы не сможете написать КР в указанную дату по технической или другой уважительной причине, просьба заполнить форму на дописывание.

Бонус

За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.