<?xml version="1.0"?>
<feed xmlns="http://www.w3.org/2005/Atom" xml:lang="ru">
		<id>http://wiki.atp-fivt.org/api.php?action=feedcontributions&amp;feedformat=atom&amp;user=Dbogdan</id>
		<title>Public ATP Wiki - Вклад участника [ru]</title>
		<link rel="self" type="application/atom+xml" href="http://wiki.atp-fivt.org/api.php?action=feedcontributions&amp;feedformat=atom&amp;user=Dbogdan"/>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="http://wiki.atp-fivt.org/index.php/%D0%A1%D0%BB%D1%83%D0%B6%D0%B5%D0%B1%D0%BD%D0%B0%D1%8F:%D0%92%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%B4/Dbogdan"/>
		<updated>2026-04-11T03:53:49Z</updated>
		<subtitle>Вклад участника</subtitle>
		<generator>MediaWiki 1.30.0</generator>

	<entry>
		<id>http://wiki.atp-fivt.org/index.php?title=%D0%90%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC%D1%8B_%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B8_%D0%BE%D1%81%D0%B5%D0%BD%D1%8C_2023&amp;diff=2442</id>
		<title>Алгоритмы биоинформатики осень 2023</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="http://wiki.atp-fivt.org/index.php?title=%D0%90%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC%D1%8B_%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B8_%D0%BE%D1%81%D0%B5%D0%BD%D1%8C_2023&amp;diff=2442"/>
				<updated>2023-10-30T07:25:18Z</updated>
		
		<summary type="html">&lt;p&gt;Dbogdan: /* Задачи */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;= Общие сведения =&lt;br /&gt;
Курс основан на MOOC «[https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics '''Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach''']» &lt;br /&gt;
* Расписание: уточняется  &lt;br /&gt;
* Семестр: 9 (пятый курс)&lt;br /&gt;
* Форма контроля: экзамен&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
= Важные ссылки =  &lt;br /&gt;
* [https://drive.google.com/drive/folders/1oRneVsANx5w-6N_oNKfJ-lFgenGL45XN?usp=sharing Видео занятий и призентации]&lt;br /&gt;
* [https://www.youtube.com/playlist?list=PLHVUfYYv0xkm4VVdzwhw5dElpZyM8pJrE Видео занятий youtube]&lt;br /&gt;
* [https://t.me/joinchat/U6rMF8QO6S7-83aD Телеграм-чат курса]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Запись на курс ==&lt;br /&gt;
0. Выбор курса в [https://profile.mipt.ru '''Личном Кабинете''']&lt;br /&gt;
  &lt;br /&gt;
1. Регистрация на платформе [https://rosalind.info/problems/locations/ '''Rosalind.info''']&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2023fall&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. Заполнение заключительной формы&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
= Команда курса =&lt;br /&gt;
* Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования&lt;br /&gt;
* Авторы курса:&lt;br /&gt;
** Pavel Pevzner (University of California, San Diego)  &lt;br /&gt;
** Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Учебные ассистенты курса&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
= Критерии получения оценки =&lt;br /&gt;
* Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2  &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
N – количество решенных задач  &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
T – активность на занятиях&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Задачи ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
{|  class=&amp;quot;wikitable&amp;quot;&lt;br /&gt;
|- &lt;br /&gt;
! Topic&lt;br /&gt;
! Количество задач&lt;br /&gt;
! Deadline&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 1 || 5 задач || 18.09.2023&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 2 || 5 задач || 02.10.2023&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 3 || 5 задач || 16.10.2023&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 4 || 5 задач || 30.10.2023&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 5 || 5 задач || 12.11.2023&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 6 || 5 задач || 26.11.2023&lt;br /&gt;
|}&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Сроки ==&lt;br /&gt;
* После дедлайна решать задачи на странице Rosalind [https://rosalind.info/problems/list-view/?location=bioinformatics-textbook-track '''Bioinformatics Textbook-Track'''] &lt;br /&gt;
* Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ''ДД.ММ.2023''.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
= План курса =&lt;br /&gt;
*1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)&lt;br /&gt;
*2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)&lt;br /&gt;
*3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)&lt;br /&gt;
*4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)&lt;br /&gt;
*5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)&lt;br /&gt;
*6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Материалы ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/lecture-videos '''Видеолекции'''].&lt;br /&gt;
* [https://www.coursera.org/learn/dna-analysis '''Coursera'''] (темы 1-2).&lt;br /&gt;
* [https://www.coursera.org/learn/genome-sequencing '''Coursera'''] (темы 3-4).&lt;br /&gt;
* [https://www.coursera.org/learn/comparing-genomes '''Coursera'''] (темы 5-6).&lt;br /&gt;
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/read-the-book '''Textbook'''].&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
= Экзамен =&lt;br /&gt;
* Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2  &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
N – количество решенных задач  &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
T – активность на занятиях&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Dbogdan</name></author>	</entry>

	<entry>
		<id>http://wiki.atp-fivt.org/index.php?title=%D0%90%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC%D1%8B_%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B8_%D0%BE%D1%81%D0%B5%D0%BD%D1%8C_2023&amp;diff=2440</id>
		<title>Алгоритмы биоинформатики осень 2023</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="http://wiki.atp-fivt.org/index.php?title=%D0%90%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC%D1%8B_%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B8_%D0%BE%D1%81%D0%B5%D0%BD%D1%8C_2023&amp;diff=2440"/>
				<updated>2023-10-30T06:46:49Z</updated>
		
		<summary type="html">&lt;p&gt;Dbogdan: /* Задачи */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;= Общие сведения =&lt;br /&gt;
Курс основан на MOOC «[https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics '''Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach''']» &lt;br /&gt;
* Расписание: уточняется  &lt;br /&gt;
* Семестр: 9 (пятый курс)&lt;br /&gt;
* Форма контроля: экзамен&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
= Важные ссылки =  &lt;br /&gt;
* [https://drive.google.com/drive/folders/1oRneVsANx5w-6N_oNKfJ-lFgenGL45XN?usp=sharing Видео занятий и призентации]&lt;br /&gt;
* [https://www.youtube.com/playlist?list=PLHVUfYYv0xkm4VVdzwhw5dElpZyM8pJrE Видео занятий youtube]&lt;br /&gt;
* [https://t.me/joinchat/U6rMF8QO6S7-83aD Телеграм-чат курса]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Запись на курс ==&lt;br /&gt;
0. Выбор курса в [https://profile.mipt.ru '''Личном Кабинете''']&lt;br /&gt;
  &lt;br /&gt;
1. Регистрация на платформе [https://rosalind.info/problems/locations/ '''Rosalind.info''']&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2023fall&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. Заполнение заключительной формы&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
= Команда курса =&lt;br /&gt;
* Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования&lt;br /&gt;
* Авторы курса:&lt;br /&gt;
** Pavel Pevzner (University of California, San Diego)  &lt;br /&gt;
** Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Учебные ассистенты курса&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
= Критерии получения оценки =&lt;br /&gt;
* Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2  &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
N – количество решенных задач  &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
T – активность на занятиях&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Задачи ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
{|  class=&amp;quot;wikitable&amp;quot;&lt;br /&gt;
|- &lt;br /&gt;
! Topic&lt;br /&gt;
! Количество задач&lt;br /&gt;
! Deadline&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 1 || 5 задач || 18.09.2023&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 2 || 5 задач || 02.10.2023&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 3 || 5 задач || 16.10.2023&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 4 || 5 задач || 30.10.2023&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 5 || 5 задач || 13.11.2023&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Topic 6 || 5 задач || 27.11.2023&lt;br /&gt;
|}&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Сроки ==&lt;br /&gt;
* После дедлайна решать задачи на странице Rosalind [https://rosalind.info/problems/list-view/?location=bioinformatics-textbook-track '''Bioinformatics Textbook-Track'''] &lt;br /&gt;
* Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ''ДД.ММ.2023''.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
= План курса =&lt;br /&gt;
*1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)&lt;br /&gt;
*2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)&lt;br /&gt;
*3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)&lt;br /&gt;
*4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)&lt;br /&gt;
*5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)&lt;br /&gt;
*6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Материалы ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/lecture-videos '''Видеолекции'''].&lt;br /&gt;
* [https://www.coursera.org/learn/dna-analysis '''Coursera'''] (темы 1-2).&lt;br /&gt;
* [https://www.coursera.org/learn/genome-sequencing '''Coursera'''] (темы 3-4).&lt;br /&gt;
* [https://www.coursera.org/learn/comparing-genomes '''Coursera'''] (темы 5-6).&lt;br /&gt;
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/read-the-book '''Textbook'''].&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
= Экзамен =&lt;br /&gt;
* Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2  &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
N – количество решенных задач  &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
T – активность на занятиях&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Dbogdan</name></author>	</entry>

	</feed>