Apravko: /* Общие сведения */

2022-11-26T16:33:04Z

Общие сведения

← Предыдущая версия		Версия от 16:33, 26 ноября 2022
Строка 3:		Строка 3:

	* Расписание: ЧТ 10:45-12:10 528ГК		* Расписание: ЧТ 10:45-12:10 528ГК
	* Семестр: 5 (третий курс)
	* [https://t.me/joinchat/U6rMF8QO6S7-83aD Телеграм-чат курса]		* [https://t.me/joinchat/U6rMF8QO6S7-83aD Телеграм-чат курса]
	* [https://yandex.zoom.us/j/96312576964?pwd=cWZnVHdjc21jaHh3ZVU1YXZMckxvQT09 '''Трансляция'''].		* [https://yandex.zoom.us/j/96312576964?pwd=cWZnVHdjc21jaHh3ZVU1YXZMckxvQT09 '''Трансляция'''].

Apravko: /* Сроки */

2022-11-26T16:29:28Z

Сроки

← Предыдущая версия		Версия от 16:29, 26 ноября 2022
Строка 69:		Строка 69:
	===== Сроки =====		===== Сроки =====
	* После дедлайна решать задачи на странице Rosalind [https://rosalind.info/problems/list-view/?location=bioinformatics-textbook-track '''Bioinformatics Textbook-Track''']		* После дедлайна решать задачи на странице Rosalind [https://rosalind.info/problems/list-view/?location=bioinformatics-textbook-track '''Bioinformatics Textbook-Track''']
	* Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ''12.12.~~2021~~''.		* Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ''12.12.2022''.

	== Экзамен ==		== Экзамен ==

Apravko: Новая страница: «= Общие сведения = Курс основан на MOOC «[https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics '''Bioinformatics Algorithms, An Acti…»

2022-11-25T10:48:43Z

Новая страница: «= Общие сведения = Курс основан на MOOC «[https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics '''Bioinformatics Algorithms, An Acti…»

Новая страница

= Общие сведения =
Курс основан на MOOC «[https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics '''Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach''']»

* Расписание: ЧТ 10:45-12:10 528ГК
* Семестр: 5 (третий курс)
* [https://t.me/joinchat/U6rMF8QO6S7-83aD Телеграм-чат курса]
* [https://yandex.zoom.us/j/96312576964?pwd=cWZnVHdjc21jaHh3ZVU1YXZMckxvQT09 '''Трансляция'''].

== Темы ==
1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)

2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)

3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)

4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)

5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)

6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)

= Преподаватели =
* Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
* Авторы курса:
** Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
** Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)

== Запись на курс ==
0. Выбор курса в [https://profile.mipt.ru '''Личном Кабинете''']

1. Регистрация на платформе [https://rosalind.info/problems/locations/ '''Rosalind.info''']

2. Регистрация на курсе [https://rosalind.info/classes/enroll/64d976790f/ '''Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2022fall''']

3. Заполнение заключительной [https://forms.gle/iQcYpGLMubXyNVQE6 '''''формы''''']

== Материалы ==
* [https://drive.google.com/drive/folders/1S-NnpciQyp40GgCpQWrVzjA2vUXlI08M?usp=sharing '''Презентации'''].
* [https://drive.google.com/drive/folders/1AMzzctOLD_fI-weGRdSTQ7V46kuP-rCU?usp=sharing '''Записи занятий'''].
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/lecture-videos '''Видеолекции'''].
* [https://www.coursera.org/learn/dna-analysis '''Coursera'''] (темы 1-2).
* [https://www.coursera.org/learn/genome-sequencing '''Coursera'''] (темы 3-4).
* [https://www.coursera.org/learn/comparing-genomes '''Coursera'''] (темы 5-6).
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/read-the-book '''Textbook'''].

== Задачи ==

https://rosalind.info/classes/926/

{| class="wikitable"
|-
! Topic
! Количество задач
! Deadline
|-
|Topic 1 || 5 задач || 19.09.2022
|-
|Topic 2 || 5 задач || 03.10.2022
|-
|Topic 3 || 5 задач || 17.10.2022
|-
|Topic 4 || 5 задач || 31.10.2022
|-
|Topic 5 || 5 задач || 14.11.2022
|-
|Topic 6 || 5 задач || 28.11.2022
|}

===== Сроки =====
* После дедлайна решать задачи на странице Rosalind [https://rosalind.info/problems/list-view/?location=bioinformatics-textbook-track '''Bioinformatics Textbook-Track''']
* Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ''12.12.2021''.

== Экзамен ==
* Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2

N – количество решенных задач

T – активность на занятиях

Алгоритмы биоинформатики осень 2022 - История изменений

Apravko: /* Общие сведения */

Apravko: /* Сроки */

Apravko: Новая страница: «= Общие сведения = Курс основан на MOOC «[https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics '''Bioinformatics Algorithms, An Acti…»