Алгоритмы биоинформатики: различия между версиями

Материал из Public ATP Wiki
Перейти к навигации Перейти к поиску
Нет описания правки
Полностью удалено содержимое страницы
 
(не показано 25 промежуточных версий этой же участницы)
Строка 1: Строка 1:
= Общие сведения =
Курс основан на MOOC «[https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics '''Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach''']»


Авторы:
* Pavel Pevzner (University of California, San Diego) 
* Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)
Расписание: ЧТ 10:45-12:10 528ГК 
* Семестр: 5 (третий курс)
* Форма контроля: диф. зачет
* [https://docs.google.com/forms/d/1id3uwMEKwTHl0LJptWp7v03AiHaF4QN23SBGe0BzgvM/edit?usp=sharing '''Форма регистрации''']
* [https://t.me/+z_tLb1qOlIU5ZTMy Телеграм-чат курса]
* [https://docs.google.com/spreadsheets/d/e/2PACX-1vRKMeNZx7aD4PbDB35YQnB0RermOTShZa_P8-8SgeiQM99lr46hyUQoVmxFNMFhVTIXV85djvpeKfuO/pubhtml?gid=0&single=true '''Таблица с оценками''']
* [https://docs.google.com/spreadsheets/d/e/2PACX-1vRKMeNZx7aD4PbDB35YQnB0RermOTShZa_P8-8SgeiQM99lr46hyUQoVmxFNMFhVTIXV85djvpeKfuO/pubhtml?gid=1578014136&single=true '''Статус проверки домашней работы''']
'''Материалы занятий'''
Для доступа нужно зайти в аккаунт ''@phystech.edu''.
* Лекции
** [https://inponomarev.ru/corejava Страница Ивана Пономарёва с видео и слайдами]
* Семинары
** [https://docs.google.com/spreadsheets/d/e/2PACX-1vTAzd9tOiVIz3IYcrPfgsRei-omrNEimKcovXe8i-WpzRciht_qi6cr80E_DlgAePcqKyC5HPMWny9x/pubhtml План семинаров для групп ФПМИ].
** [https://disk.yandex.ru/d/-_FvGjw4NvPSpA Видео семинаров]. Будем выкладывать удаленные занятия.
** [https://drive.google.com/drive/folders/1j-22LmroMfGr0HmmrFdrs_cYJSAp56F3?usp=sharing Презентации семинаров].
** [http://wiki.atp-fivt.org/index.php/Java_foreigners_2022 План курса] для иностранных групп.
** [https://gitlab.com/fpmi-atp/atp-java22 Коды семинаров].
= Преподаватели =
* Организатор: Олег Ивченко
* Лектор: Иван Пономарев, доц., к. ф-м. н.
* Семинаристы:
** Козлов Анатолий
** Евдокимова Анастасия
** Ухов Никита
* Ассистенты:
= Критерии получения оценки =
== Экстерн-проекты ==
Предлагается [https://docs.google.com/document/d/1n4ocgNReB4a2PQfC-VPCSwVc5VeDa6UfWgZBxGgJUkU несколько проектов на выбор] под руководством реального заказчика.
* Вот что у нас [https://www.youtube.com/watch?v=D1jG751Nw4I&feature=youtu.be получилось]. Смотреть начиная с 17:45.
* [https://github.com/atp-mipt Github-репозитории]
Помимо закрытия курса есть возможность:
*** иметь на выходе готовый open-source проект, а также тезисы для lightning-talk сессии конференций по Java
*** опубликоваться на Хабре
*** заиметь запись в Центральном репозитории Maven, где вы будете записаны как Developer проекта.
*.
== Домашние задания ==
Планируется 4 домашних заданий. Проверка включает 2 этапа:
# прохождение тестов в Yandex.Contest (ДЗ-1,2) и / или проверка тестов, написанных вами. Код нужно залить в соотв. репозиторий на gitlab.atp-fivt.org.
# code review при условии выполненного п.1. В процессе code review вы получаете Фидбек от проверяющего. Его можно прочитать на странице вашего репозитория с ДЗ (Project -> Activity) или в автоматических письмах от automation@atp-fivt.org. Исправления по code review можно делать в течение '''1 месяца''' после 1-го комментария.
==== Как сдавать ДЗ ====
# Каждому из вас на почту пришел доступ на http://gitlab.atp-fivt.org/. В нем создан репозиторий '''<ваше_ФИО>-hw[1-4]'''.
# Для каждой задачи создана ветка, в которую нужно заливать решение.
# Для сдачи задания нужно до deadline сделать merge request в master. Все параметры merge по умолчанию. В git-репозиториии не должно быть лишних файлов и мусора.
# После deadline проверяющий (это может быть случайный семинарист или ассистент) оставляет комментарии и ставим текущую оценку. Если решение вцелом работает правильно и соответсвует требованиям, его можно исправлять в течение месяца после комментариев и повысить таким образом оценку.
===== Сроки =====
* За сдачу позже мягкого дедлайна -50%
* Позже жёсткого можно сдавать с оценкой 25% максимум. Сдавать и исправлять домашки можно до ''25.12, 23:59'''.
==== Дедлайны по домашкам ====
{|  class="wikitable"
|-
! Домашка
! Мягкий deadline
! Жёсткий deadline
|-
|[https://contest.yandex.ru/contest/40656/enter/  Simple Java Core] || 02.10, 20:00 || 09.10, 20:00
|-
|[https://docs.google.com/document/d/1D6YtyBnX8rPm-3LDMjTsc-2Ig9VbBkQszK9d7zXKEYg/edit Advanced Java Core & JUnit] || 14.11, 23:59 || 21.11, 23:59
|-
|[https://docs.google.com/document/d/1qzg_g7RVdl4_IImC1ino-207dZha8HuKO5D2Wsn_GPo/edit JDBC, external export, GitLab CI] || 28.11, 23:59 || 05.12, 23:59
|-
|[https://docs.google.com/document/d/1gtyPLHDnWEDc-I7zWT4Ws3ahHbKtDUHby9Xuwhuz21E/edit Multithreading] || 12.12, 23:59 || 19.12, 23:59
|}
== Мини-контрольные ==
Состоятся 2 контрольные. Они будут проходить '''на лекциях'''.
На контрольных нельзя пользоваться IDE и интернетом. Код писать не потребуется.
{|  class="wikitable"
|-
! Название
! Темы
! Дата
! Длительность
|-
| Промышленное программирование на Java. Quiz #1. || Java core. Синтаксис Java. Ветвления, циклы и метки. Примитивные типы и объекты в Java. Приведение типов. Inboxing, outboxing. Exceptions. Массивы и коллекции. Строки. Классы (абстрактные, вложенные, внутренние, анонимные, локальные...), интерфейсы. Класс Object и всё, что с ним связано. Generics, enums (enums as classes). || 02.11 || 30 мин
|-
|Промышленное программирование на Java. Quiz #2. || Тестирование приложений в Java. Сборка приложений. Работа с базой данных. Основы Docker и Continuous integration. Многопоточность в Java. || 14.12 || 15 мин
|}
В случае если вы не сможете написать КР в указанную дату по технической или другой уважительной причине, просьба заполнить [https://docs.google.com/forms/d/1kqv5Y4LiunA5YkqJGMKcE0Bs8VNLmbGzYcK7JoC0S8s/edit?usp=sharing '''форму на дописывание'''].
== Бонус ==
За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.

Текущая версия от 10:48, 25 ноября 2022