|
|
| (не показано 13 промежуточных версий этой же участницы) |
| Строка 1: |
Строка 1: |
| = Общие сведения =
| |
| Курс основан на MOOC «[https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics '''Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach''']»
| |
|
| |
|
| * Расписание: ЧТ 10:45-12:10 528ГК
| |
| * Семестр: 5 (третий курс)
| |
| * [https://t.me/joinchat/U6rMF8QO6S7-83aD Телеграм-чат курса]
| |
| * [https://yandex.zoom.us/j/96312576964?pwd=cWZnVHdjc21jaHh3ZVU1YXZMckxvQT09 '''Трансляция'''].
| |
|
| |
| == Темы ==
| |
| 1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)
| |
|
| |
| 2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)
| |
|
| |
| 3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)
| |
|
| |
| 4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)
| |
|
| |
| 5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)
| |
|
| |
| 6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)
| |
|
| |
| = Преподаватели =
| |
| * Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
| |
| * Авторы курса:
| |
| ** Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
| |
| ** Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)
| |
|
| |
| == Запись на курс ==
| |
| 0. Выбор курса в [https://profile.mipt.ru '''Личном Кабинете''']
| |
|
| |
| 1. Регистрация на платформе [https://rosalind.info/problems/locations/ '''Rosalind.info''']
| |
|
| |
| 2. Регистрация на курсе [https://rosalind.info/classes/enroll/64d976790f/ '''Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2022fall''']
| |
|
| |
| 3. Заполнение заключительной [https://forms.gle/iQcYpGLMubXyNVQE6 '''формы''']
| |
|
| |
| == Экстерн-проекты ==
| |
| Предлагается [https://docs.google.com/document/d/1n4ocgNReB4a2PQfC-VPCSwVc5VeDa6UfWgZBxGgJUkU несколько проектов на выбор] под руководством реального заказчика.
| |
| * Вот что у нас [https://www.youtube.com/watch?v=D1jG751Nw4I&feature=youtu.be получилось]. Смотреть начиная с 17:45.
| |
| * [https://github.com/atp-mipt Github-репозитории]
| |
|
| |
| Помимо закрытия курса есть возможность:
| |
| *** иметь на выходе готовый open-source проект, а также тезисы для lightning-talk сессии конференций по Java
| |
| *** опубликоваться на Хабре
| |
| *** заиметь запись в Центральном репозитории Maven, где вы будете записаны как Developer проекта.
| |
| *.
| |
|
| |
| == Домашние задания ==
| |
| Планируется 4 домашних заданий. Проверка включает 2 этапа:
| |
| # прохождение тестов в Yandex.Contest (ДЗ-1,2) и / или проверка тестов, написанных вами. Код нужно залить в соотв. репозиторий на gitlab.atp-fivt.org.
| |
| # code review при условии выполненного п.1. В процессе code review вы получаете Фидбек от проверяющего. Его можно прочитать на странице вашего репозитория с ДЗ (Project -> Activity) или в автоматических письмах от automation@atp-fivt.org. Исправления по code review можно делать в течение '''1 месяца''' после 1-го комментария.
| |
|
| |
| ==== Как сдавать ДЗ ====
| |
| # Каждому из вас на почту пришел доступ на http://gitlab.atp-fivt.org/. В нем создан репозиторий '''<ваше_ФИО>-hw[1-4]'''.
| |
| # Для каждой задачи создана ветка, в которую нужно заливать решение.
| |
| # Для сдачи задания нужно до deadline сделать merge request в master. Все параметры merge по умолчанию. В git-репозиториии не должно быть лишних файлов и мусора.
| |
| # После deadline проверяющий (это может быть случайный семинарист или ассистент) оставляет комментарии и ставим текущую оценку. Если решение вцелом работает правильно и соответсвует требованиям, его можно исправлять в течение месяца после комментариев и повысить таким образом оценку.
| |
|
| |
| ===== Сроки =====
| |
| * За сдачу позже мягкого дедлайна -50%
| |
| * Позже жёсткого можно сдавать с оценкой 25% максимум. Сдавать и исправлять домашки можно до ''25.12, 23:59'''.
| |
|
| |
| ==== Дедлайны по домашкам ====
| |
| {| class="wikitable"
| |
| |-
| |
| ! Домашка
| |
| ! Мягкий deadline
| |
| ! Жёсткий deadline
| |
| |-
| |
| |[https://contest.yandex.ru/contest/40656/enter/ Simple Java Core] || 02.10, 20:00 || 09.10, 20:00
| |
| |-
| |
| |[https://docs.google.com/document/d/1D6YtyBnX8rPm-3LDMjTsc-2Ig9VbBkQszK9d7zXKEYg/edit Advanced Java Core & JUnit] || 14.11, 23:59 || 21.11, 23:59
| |
| |-
| |
| |[https://docs.google.com/document/d/1qzg_g7RVdl4_IImC1ino-207dZha8HuKO5D2Wsn_GPo/edit JDBC, external export, GitLab CI] || 28.11, 23:59 || 05.12, 23:59
| |
| |-
| |
| |[https://docs.google.com/document/d/1gtyPLHDnWEDc-I7zWT4Ws3ahHbKtDUHby9Xuwhuz21E/edit Multithreading] || 12.12, 23:59 || 19.12, 23:59
| |
| |}
| |
|
| |
| == Мини-контрольные ==
| |
| Состоятся 2 контрольные. Они будут проходить '''на лекциях'''.
| |
|
| |
| На контрольных нельзя пользоваться IDE и интернетом. Код писать не потребуется.
| |
|
| |
| {| class="wikitable"
| |
| |-
| |
| ! Название
| |
| ! Темы
| |
| ! Дата
| |
| ! Длительность
| |
| |-
| |
| | Промышленное программирование на Java. Quiz #1. || Java core. Синтаксис Java. Ветвления, циклы и метки. Примитивные типы и объекты в Java. Приведение типов. Inboxing, outboxing. Exceptions. Массивы и коллекции. Строки. Классы (абстрактные, вложенные, внутренние, анонимные, локальные...), интерфейсы. Класс Object и всё, что с ним связано. Generics, enums (enums as classes). || 02.11 || 30 мин
| |
| |-
| |
| |Промышленное программирование на Java. Quiz #2. || Тестирование приложений в Java. Сборка приложений. Работа с базой данных. Основы Docker и Continuous integration. Многопоточность в Java. || 14.12 || 15 мин
| |
| |}
| |
|
| |
|
| |
| В случае если вы не сможете написать КР в указанную дату по технической или другой уважительной причине, просьба заполнить [https://docs.google.com/forms/d/1kqv5Y4LiunA5YkqJGMKcE0Bs8VNLmbGzYcK7JoC0S8s/edit?usp=sharing '''форму на дописывание'''].
| |
|
| |
| == Бонус ==
| |
| За активность в чате курса и на занятиях можно получить дополнительно +1 балл. Количество студентов, получивших бонус, неограничено.
| |