Алгоритмы биоинформатики 2026

Основная информация

Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach» для студентов 1 курса магистратуры ИВТ и ПМИ

Преподаватель курса

Богдан Давид Романович, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования

Расписание

Лекции - Четверг 13:55-15:20 ауд. 415 ГК Семинары - Четверг 15:30-16:55 ауд. 415 ГК

Результаты освоения курса

В результате изучения дисциплины «Алгоритмы биоинформатики» обучающийся будет знать формальные постановки задач для некоторых задач биоинформатики (поиск мотивов, определение первичной структуры биополимеров, выравнивание последовательностей, восстановление истории инверсий); алгоритмы решения этих задач; уметь применять эти алгоритмы для анализа предложенных данных; владеть методами эффективного выбора формальной модели для решения содержательных задач биоинформатики.

Экзамен

Промежуточная аттестация по дисциплине «Алгоритмы биоинформатики» осуществляется в форме экзамена. Экзамен проводится в устной форме. При проведении устного экзамена обучающемуся предоставляется 60 минут на подготовку. Опрос обучающегося по билету на устном экзамене не должен превышать двух астрономических часов.

Критерии оценивания

Итоговая оценка по курсу складывается из оценки за выполненные в ходе семестра практические задания (80%) и оценки за проявленную активность на лекциях (20%). Активностью на лекциях считается четко сформулированный вопрос, либо ответ на вопрос, заданный другим студентом. В конце курса проводится устный экзамен. При получении неудовлетворительной оценки на экзамене оценка за практические задания снижается в 3 раза.

В ходе семестра студентам предлагается для решения 30 задач по шести темам, как правило, требующих практического программирования. На решение задач на полный балл (1 задача = 1 балл) по каждой теме отводится 2 недели (мягкий дедлайн). Жесткий дедлайн (общий для всех тем) устанавливается на дату за 2-3 недели до конца семестра, задачи решенные после мягкого дедлайна, но перед жестким дедлайном, оцениваются в 0.5 балла. Число P за практическую работу вычисляется по следующей таблице:

Р	3	4	5	6	7	8	9	10
Набрано баллов за задачи	9	12	15	18	21	24	27	30
Минимальное кол-во набранных баллов в каждой теме	1	2	2	3	3	4	4	5

Оценка за активность на лекциях рассчитывается по следующей формуле: T = 5/3*(a1 + a2 + a3 + … + a11 + a12), где: at – оценка за t-ую лекцию (всего 12 лекций), причем at = 1, если студент задал хотя бы один четко сформулированный вопрос, либо ответил хотя бы на один такой вопрос, иначе at = 0. Чётко сформулированным считается такой вопрос, который позволяет выявить затруднение, испытываемое студентом. Кроме того, такой вопрос должен быть опубликован студентом в чате курса до начала дня лекции.

Количество набранных баллов B = 0.8*P + 0.2*T определяет итоговую оценку:

Оценка	Набранные баллы
отлично (10)	9.5 ≤ B < 12
отлично (9)	8.5 ≤ B < 9.5
хорошо (8)	7.5 ≤ B < 8.5
хорошо (7)	6.5 ≤ B < 7.5
хорошо (6)	5.5 ≤ B < 6.5
хорошо (5)	4.5 ≤ B < 5.5
удовлетворительно (4)	3.5 ≤ B < 4.5
удовлетворительно (3)	3.5 ≤ B < 4.5
неудовлетворительно (2)	2 ≤ B < 3
неудовлетворительно (1)	B < 2

План курса

1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели) 2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели) 3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели) 4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели) 5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели) 6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)

Чат курса

Чат курса