Алгоритмы биоинформатики осень 2023

Материал из Public ATP Wiki
Перейти к: навигация, поиск

Общие сведения

Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach»

  • Расписание: четверг, 9:00
  • Семестр: 9 (пятый курс)
  • Форма контроля: экзамен

Важные ссылки

Запись на курс

0. Выбор курса в Личном Кабинете

1. Регистрация на платформе Rosalind.info

2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2023fall

3. Заполнение заключительной формы

Команда курса

  • Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
  • Авторы курса:
    • Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
    • Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)

Учебные ассистенты курса

Критерии получения оценки

  • Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2

N – количество решенных задач

T – активность на занятиях

Задачи

Topic Количество задач Deadline
Topic 1 5 задач 18.09.2023
Topic 2 5 задач 02.10.2023
Topic 3 5 задач 16.10.2023
Topic 4 5 задач 30.10.2023
Topic 5 5 задач 12.11.2023
Topic 6 5 задач 26.11.2023

Сроки

  • После дедлайна решать задачи на странице Rosalind Bioinformatics Textbook-Track
  • Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ДД.ММ.2023.

План курса

  • 1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)
  • 2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)
  • 3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)
  • 4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)
  • 5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)
  • 6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)

Материалы

Экзамен

  • Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2

N – количество решенных задач

T – активность на занятиях