Алгоритмы биоинформатики осень 2023 — различия между версиями
(→Общие сведения) |
(→Общие сведения) |
||
| Строка 5: | Строка 5: | ||
* Форма контроля: экзамен | * Форма контроля: экзамен | ||
| − | + | = Важные ссылки = | |
| − | * | + | * [https://drive.google.com/drive/folders/1r8hbp5u-hZ609OADs-Nd9_tTkjmhcEzk?usp=sharing Видео занятий и призентации] |
| + | * [https://www.youtube.com/playlist?list=PLHVUfYYv0xkm4VVdzwhw5dElpZyM8pJrE Видео занятий youtube] | ||
| + | * [https://t.me/joinchat/U6rMF8QO6S7-83aD Телеграм-чат курса] | ||
* Трансляция | * Трансляция | ||
| − | == | + | = Команда курса = |
| + | * Давид Богдан преподаватель | ||
| + | |||
| + | Учебные ассистенты курса | ||
| + | |||
| + | = Критерии получения оценки = | ||
| + | == Домашние задания == | ||
| + | |||
| + | = План курса = | ||
1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели) | 1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели) | ||
| − | |||
2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели) | 2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели) | ||
| − | |||
3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели) | 3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели) | ||
| − | |||
4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели) | 4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели) | ||
| − | |||
5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели) | 5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели) | ||
| + | 6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели) | ||
| − | + | = Экзамен = | |
= Преподаватели = | = Преподаватели = | ||
Версия 17:30, 7 мая 2023
Содержание
Общие сведения
Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach»
- Расписание: уточняется
- Семестр: 9 (пятый курс)
- Форма контроля: экзамен
Важные ссылки
Команда курса
- Давид Богдан преподаватель
Учебные ассистенты курса
Критерии получения оценки
Домашние задания
План курса
1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели) 2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели) 3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели) 4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели) 5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели) 6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)
Экзамен
Преподаватели
- Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
- Авторы курса:
- Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
- Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)
Запись на курс
0. Выбор курса в Личном Кабинете
1. Регистрация на платформе Rosalind.info
2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2023fall 3. Заполнение заключительной формы
Материалы
- Презентации
- Записи занятий
- Видеолекции.
- Coursera (темы 1-2).
- Coursera (темы 3-4).
- Coursera (темы 5-6).
- Textbook.
Задачи
https://rosalind.info/classes/926/
| Topic | Количество задач | Deadline |
|---|---|---|
| Topic 1 | 5 задач | 00.09.2023 |
| Topic 2 | 5 задач | 00.10.2023 |
| Topic 3 | 5 задач | 00.10.2023 |
| Topic 4 | 5 задач | 00.10.2023 |
| Topic 5 | 5 задач | 00.11.2023 |
| Topic 6 | 5 задач | 00.11.2023 |
Сроки
- После дедлайна решать задачи на странице Rosalind Bioinformatics Textbook-Track
- Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до 00.12.2023.
Экзамен
- Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2
N – количество решенных задач
T – активность на занятиях
