Алгоритмы биоинформатики осень 2023 — различия между версиями

Материал из Public ATP Wiki
Перейти к: навигация, поиск
(→‎Запись на курс)
Строка 9: Строка 9:
 
* [https://www.youtube.com/playlist?list=PLHVUfYYv0xkm4VVdzwhw5dElpZyM8pJrE Видео занятий youtube]
 
* [https://www.youtube.com/playlist?list=PLHVUfYYv0xkm4VVdzwhw5dElpZyM8pJrE Видео занятий youtube]
 
* [https://t.me/joinchat/U6rMF8QO6S7-83aD Телеграм-чат курса]
 
* [https://t.me/joinchat/U6rMF8QO6S7-83aD Телеграм-чат курса]
−
*  Трансляция
 
  
−
= Команда курса =
+
== Запись на курс ==
−
* Давид Богдан преподаватель
+
0. Выбор курса в [https://profile.mipt.ru '''Личном Кабинете''']
 +
 
 +
1. Регистрация на платформе [https://rosalind.info/problems/locations/ '''Rosalind.info''']
  
−
Учебные ассистенты курса
+
2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2023fall
  
−
= Критерии получения оценки =
+
3. Заполнение заключительной формы
−
== Домашние задания ==
 
  
−
= План курса =
+
= Команда курса =
−
*1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)
 
−
*2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)
 
−
*3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)
 
−
*4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)
 
−
*5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)
 
−
*6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)
 
−
 
 
−
= Экзамен =
 
−
 
 
−
= Преподаватели =
 
 
* Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
 
* Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
 
* Авторы курса:
 
* Авторы курса:
Строка 35: Строка 25:
 
** Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)
 
** Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)
  
−
== Запись на курс ==
+
Учебные ассистенты курса
−
0. Выбор курса в [https://profile.mipt.ru '''Личном Кабинете''']
 
−
 
 
−
1. Регистрация на платформе [https://rosalind.info/problems/locations/ '''Rosalind.info''']
 
  
−
2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2023fall
+
= Критерии получения оценки =
 +
* Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2
  
−
3. Заполнение заключительной формы
+
N – количество решенных задач 
  
−
== Материалы ==
+
T – активность на занятиях
−
*  Презентации
 
−
*  Записи занятий
 
−
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/lecture-videos '''Видеолекции'''].
 
−
* [https://www.coursera.org/learn/dna-analysis '''Coursera'''] (темы 1-2).
 
−
* [https://www.coursera.org/learn/genome-sequencing '''Coursera'''] (темы 3-4).
 
−
* [https://www.coursera.org/learn/comparing-genomes '''Coursera'''] (темы 5-6).
 
−
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/read-the-book '''Textbook'''].
 
  
 
== Задачи ==
 
== Задачи ==
  
−
https://rosalind.info/classes/926/ 
 
  
 
{|  class="wikitable"
 
{|  class="wikitable"
Строка 63: Строка 43:
 
! Deadline
 
! Deadline
 
|-
 
|-
−
|Topic 1 || 5 задач || 00.09.2023
+
|Topic 1 || 5 задач || ДД.ММ.2023
 
|-
 
|-
−
|Topic 2 || 5 задач || 00.10.2023
+
|Topic 2 || 5 задач || ДД.ММ.2023
 
|-
 
|-
−
|Topic 3 || 5 задач || 00.10.2023
+
|Topic 3 || 5 задач || ДД.ММ.2023
 
|-
 
|-
−
|Topic 4 || 5 задач || 00.10.2023
+
|Topic 4 || 5 задач || ДД.ММ.2023
 
|-
 
|-
−
|Topic 5 || 5 задач || 00.11.2023
+
|Topic 5 || 5 задач || ДД.ММ.2023
 
|-
 
|-
−
|Topic 6 || 5 задач || 00.11.2023
+
|Topic 6 || 5 задач || ДД.ММ.2023
 
|}
 
|}
  
−
===== Сроки =====
+
=== Сроки ===
 
* После дедлайна решать задачи на странице Rosalind [https://rosalind.info/problems/list-view/?location=bioinformatics-textbook-track '''Bioinformatics Textbook-Track''']  
 
* После дедлайна решать задачи на странице Rosalind [https://rosalind.info/problems/list-view/?location=bioinformatics-textbook-track '''Bioinformatics Textbook-Track''']  
−
* Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ''00.12.2023''.
+
* Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ''ДД.ММ.2023''.
 +
 
 +
 
 +
= План курса =
 +
*1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)
 +
*2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)
 +
*3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)
 +
*4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)
 +
*5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)
 +
*6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)
  
−
== Экзамен ==
+
== Материалы ==
 +
 
 +
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/lecture-videos '''Видеолекции'''].
 +
* [https://www.coursera.org/learn/dna-analysis '''Coursera'''] (темы 1-2).
 +
* [https://www.coursera.org/learn/genome-sequencing '''Coursera'''] (темы 3-4).
 +
* [https://www.coursera.org/learn/comparing-genomes '''Coursera'''] (темы 5-6).
 +
* [https://www.bioinformaticsalgorithms.org/read-the-book '''Textbook'''].
 +
 
 +
= Экзамен =
 
* Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2   
 
* Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2   
  

Версия 17:39, 7 мая 2023

Общие сведения

Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach»

  • Расписание: уточняется
  • Семестр: 9 (пятый курс)
  • Форма контроля: экзамен

Важные ссылки

Запись на курс

0. Выбор курса в Личном Кабинете

1. Регистрация на платформе Rosalind.info

2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2023fall

3. Заполнение заключительной формы

Команда курса

  • Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
  • Авторы курса:
    • Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
    • Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)

Учебные ассистенты курса

Критерии получения оценки

  • Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2

N – количество решенных задач

T – активность на занятиях

Задачи

Topic Количество задач Deadline
Topic 1 5 задач ДД.ММ.2023
Topic 2 5 задач ДД.ММ.2023
Topic 3 5 задач ДД.ММ.2023
Topic 4 5 задач ДД.ММ.2023
Topic 5 5 задач ДД.ММ.2023
Topic 6 5 задач ДД.ММ.2023

Сроки

  • После дедлайна решать задачи на странице Rosalind Bioinformatics Textbook-Track
  • Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ДД.ММ.2023.


План курса

  • 1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)
  • 2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)
  • 3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)
  • 4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)
  • 5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)
  • 6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)

Материалы

Экзамен

  • Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2

N – количество решенных задач

T – активность на занятиях

Источник — «http://wiki.atp-fivt.org/index.php?title=Алгоритмы_биоинформатики_осень_2023&oldid=1978»