Алгоритмы биоинформатики осень 2023

Общие сведения

Курс основан на MOOC «Bioinformatics Algorithms, An Active Learning Approach»

• Расписание: уточняется
• Семестр: 9 (пятый курс)
• Форма контроля: экзамен

Важные ссылки

• Видео занятий и призентации
• Видео занятий youtube
• Телеграм-чат курса

Запись на курс

0. Выбор курса в Личном Кабинете

1. Регистрация на платформе Rosalind.info

2. Регистрация на курсе Bioinformatics Algorithms (FIVT_Bioinfo) 2023fall

3. Заполнение заключительной формы

Команда курса

• Богдан Давид, кафедра Алгоритмов и Технологий Программирования
• Авторы курса:
  • Pavel Pevzner (University of California, San Diego)
  • Phillip E. C. Compeau (University of California, San Diego)

Учебные ассистенты курса

Критерии получения оценки

• Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2

N – количество решенных задач

T – активность на занятиях

Задачи

Topic	Количество задач	Deadline
Topic 1	5 задач	18.09.2023
Topic 2	5 задач	02.10.2023
Topic 3	5 задач	16.10.2023
Topic 4	5 задач	30.10.2023
Topic 5	5 задач	12.11.2023
Topic 6	5 задач	26.11.2023

Сроки

• После дедлайна решать задачи на странице Rosalind Bioinformatics Textbook-Track
• Коды решений и сканы профилей присылать на почту bogdan.d@phystech.edu до ДД.ММ.2023.

План курса

• 1. Где начинается репликация ДНК? (Алгоритмическая разминка, 2 недели)
• 2. Какие паттерны ДНК действуют как клеточные часы? (Жадные и случайные алгоритмы, 2 недели)
• 3. Как собирать геномы? (Графовые алгоритмы, 2 недели)
• 4. Как секвенировать антибиотики? (Алгоритмы грубой силы, 2 недели)
• 5. Как сравнивать биологические последовательности? (Алгоритмы динамического программирования, 2 недели)
• 6. Существуют ли хрупкие области в геноме человека? (Комбинаторные алгоритмы, 2 недели)

Материалы

• Видеолекции.
• Coursera (темы 1-2).
• Coursera (темы 3-4).
• Coursera (темы 5-6).
• Textbook.

Экзамен

• Оценка = N / 3 * 0.8 + Т * 0.2

N – количество решенных задач

T – активность на занятиях